Als das US-Landwirtschaftsministerium am Sonntagabend bekannt gab, dass es neue Daten aus seiner Untersuchung eines Ausbruchs der Vogelgrippe bei Rindern veröffentlicht habe, suchten Wissenschaftler eifrig nach einer bekannten und weltweit genutzten Plattform, um die genetischen Sequenzen von Viren zu teilen.
Das Filmmaterial war nicht da. Am Dienstagmorgen sind sie es immer noch nicht.
Forscher, die die Entwicklung und Verbreitung von H5N1 verfolgen wollen, sagen, dass die veröffentlichten Informationen – Rohdaten auf einem US-Server – nicht sehr nützlich und alles andere als transparent seien. Sie sagen auch, dass die Veröffentlichung von Informationen über den Ausbruch, der vor fast einem Monat bei Rindern bestätigt wurde, durch die Regierung äußerst langsam erfolgte.
Nach der Ankündigung des USDA vom Sonntag sagte Dr. Rick BrillantDer Immunologe und Impfstoffforscher, der von 2016 bis 2020 die Biomedical Advanced Research and Development Authority leitete, sagte, er habe sofort seine Kontakte in der Datenbank namens Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) angerufen, um sicherzustellen, dass er nicht infiziert sei . etwas fehlt.
„Ich sagte: ‚Schauen Sie, sagen Sie mir einfach: Haben Sie irgendwelche Daten?‘ und sie sagten: ‚Nein‘“, sagte Bright.
Nachdem Dr. Lucas Freitas, ein brasilianischer Naturschutzwissenschaftler bei GISAID, sogar die Teile der Datenbank überprüft hatte, in denen Menschen Entwürfe von Filmmaterial vor ihrer vollständigen Veröffentlichung veröffentlichen können, bestätigte er, dass das USDA seit seiner Ankündigung kein neues Filmmaterial veröffentlicht hat. .
„Wir würden es uns nicht entgehen lassen“, sagte Peter Bogner, Gründer und Präsident von GISAID. „H5 ist der Grund, warum GISAID geschaffen wurde. Dadurch werden die Antennen angehoben.
Der hochpathogene H5N1-Stamm der Vogelgrippe hat Vogelpopulationen auf der ganzen Welt dezimiert und sich in den letzten Jahren auf immer mehr Säugetiere ausgebreitet, was die Befürchtung weckt, dass er kurz davor steht, zu einem Virus zu werden, das sich effektiv auf Menschen ausbreiten kann.
Als das USDA am 25. März bestätigte, dass H5N1 bei Milchkühen in Texas und Kansas entdeckt worden war, versetzte diese Nachricht die Experten für Infektionskrankheiten in Alarmbereitschaft und sie wollten unbedingt mehr Informationen erhalten, um zu sehen, wie sich das Virus verändert hatte, um einen neuen Wirt anzugreifen. Der USDA Animal and Plant Health Inspection Service (APHIS)., berichtet, dass das H5N1-Virus inzwischen in 32 Herden in acht Bundesstaaten nachgewiesen wurde.
Aber es sind Wochen vergangen und nur wenige Daten über den Ausbruch in den USA wurden mit der weltweiten wissenschaftlichen Gemeinschaft geteilt.
In seinem am Sonntag veröffentlichten Gutachten sagte APHIS, es habe 239 genetische Sequenzen aus dem H5N1-Ausbruch „von Rindern, Katzen, Hühnern, Stinktieren, Waschbären, Grackeln, Amseln und Gänsen“ weitergegeben.
Die Agentur sagte, sie veröffentliche „regelmäßig“ auf GISAID, aber im Interesse der öffentlichen Transparenz und „um sicherzustellen, dass die wissenschaftliche Gemeinschaft so schnell wie möglich Zugriff auf diese Informationen hat …“ teilte sie Sequenzen auch „umgehend“ mit einem Amerikaner von der Agentur gepflegte Datenbank. Nationalbibliothek für Medizin.
Die Ankündigung deutete für viele Wissenschaftler darauf hin, dass die Informationen in GISAID enthalten sein würden, was für die Verfolgung der Entwicklung des Virus, das Covid-19 verursacht, bei seiner Ausbreitung um die Welt von entscheidender Bedeutung ist. Viele Länder, darunter auch die Vereinigten Staaten, nutzen GISAID, um schnell genetische Sequenzen auszutauschen – die genaue Reihenfolge von vier chemischen Elementen, aus denen die Baupläne jedes Virus bestehen.
Stattdessen hat das USDA rohe Sequenzierungsdaten, sogenannte FASTQ-Dateien, in die öffentlich zugängliche Datenbank der National Library of Medicine hochgeladen. Diese FASTQ-Dateien enthalten jedoch keine wichtigen Informationen, die Wissenschaftlern dabei helfen würden, die Entwicklung des Virus zu verfolgen, wie etwa das genaue Datum der Probenentnahme und ihren ursprünglichen Zustand.
Wissenschaftler verwenden Rohdaten, um die Entwicklung eines Virus zu verfolgen, aber sie verwenden sie normalerweise auch in Verbindung mit der Art von Informationen, die normalerweise auf GISAID veröffentlicht werden: Konsenssequenzen, sogenannte FASTA-Dateien, die verfeinert und von allen Verunreinigungen und Fehlern befreit wurden. Konsenssequenzen liefern im Allgemeinen mehr Informationen darüber, wo und wann die Probe entnommen wurde, und helfen Forschern so, besser zu verstehen, wie sich ein Virus im Laufe der Zeit entwickelt.
Den Forschern zufolge ist unklar, wie lange die Proben entnommen wurden, die den Rohdaten zugrunde liegen. Die einzigen angezeigten Daten lauten „2024“ und die Standorte werden nur als „USA“ aufgeführt. Es gibt keine Informationen darüber, wie die Proben gewonnen wurden – ob sie aus Abstrichen der Atemwege eines Tieres, seiner Haut oder anderswo stammten.
Auf E-Mail-Fragen von CNN antwortete Shilo Weir, Spezialist für öffentliche Angelegenheiten beim USDA, dass die Agentur die Rohdaten im Interesse der Geschwindigkeit an den US-Server weitergegeben habe und dass die Agentur schnell daran arbeiten werde, die ausgewählten Sequenzen an GISAID zu übermitteln.
„APHIS veröffentlicht normalerweise kuratierte Sequenzdaten auf der GISAID-Plattform. Um die Sequenzdaten jedoch so schnell wie möglich zu veröffentlichen, hat APHIS diese nicht analysierten Sequenzdatendateien auf NCBI hochgeladen“, schrieb Weir in der E-Mail-Antwort.
„Dieses Filmmaterial wird vor der Veröffentlichung nicht kuratiert, aber dieser Ansatz wird es uns ermöglichen, so schnell wie möglich auf Filmmaterialinformationen zuzugreifen. APHIS wird weiterhin so schnell wie möglich daran arbeiten, ausgewählte Dateien auf GISAID zu veröffentlichen, die relevante epidemiologische Informationen sowie Sequenzdaten integrieren und analysieren“, sagte Weir.
Es ist auch unklar, ob die neueste Version alle Genome repräsentiert, über die die Agentur verfügt.
Dr. Michael Worobey, Professor für Ökologie und Evolutionsbiologie an der University of Arizona, sagte, das USDA mache einen Fehler, wenn es nicht alle ihm vorliegenden Informationen so schnell wie möglich weitergebe.
„Es gibt auf der ganzen Welt eine ganze Gemeinschaft von Menschen wie mir und meinen Kollegen, die viel Erfahrung auf diesem Gebiet haben und oft Dinge sehen oder Analysen durchführen können, die möglicherweise etwas zeigen, das andere übersehen haben“, sagte er.
„Sie möchten nicht, dass eine Gruppe die Einzige ist, die sich die Daten ansieht. Sie möchten, dass jeder, alle Experten auf der ganzen Welt, dazu in der Lage sind“, fügte Worobey hinzu.
Dr. Tom Inglesby, der das Johns Hopkins Center for Health Security an der Bloomberg School of Public Health leitet, sagte, die Veröffentlichung der Rohdaten durch das USDA sei ein Schritt in die richtige Richtung, aber sie gehe nicht weit genug .
„Die zusätzlichen Informationen wären für die Öffentlichkeit und Wissenschaftler, öffentliche Gesundheitsbehörden und Forschungsorganisationen sehr hilfreich, um alle bisher gesammelten Daten zu verstehen, welche Betriebe getestet wurden, wann sie getestet wurden und welche Probenahmestrategie verfolgt wurde.“ Insgesamt, welche Art von Tests werden derzeit im ganzen Land durchgeführt“, sagte er.
„Da wir nun wissen, dass es asymptomatische Kühe gibt, die positiv getestet wurden, wie sieht die Strategie aus, um zu verstehen, in welchem Ausmaß Kühe, die in anderen Herden keine Symptome zeigen, infiziert sind? Weil ich denke, dass das wichtigste Ziel hier darin besteht, ein vollständiges Bild der Epidemie zu erhalten.
Influenzaviren entwickeln sich schnell und haben einige der verheerendsten Pandemien der Geschichte verursacht.
„Was wir jetzt sehen, ist das erste Kapitel des Buches, das Menschen wie mir und vielen Epidemiologen für Infektionskrankheiten den Schlaf raubt“, sagte Dr. Michael Mina, wissenschaftlicher Leiter des Telegesundheitsunternehmens eMed und Experte auf diesem Gebiet. Domain. Epidemiologie, Immunologie und die Ausbreitung von Infektionskrankheiten.
Die Covid-Pandemie war ernst, aber Mina sagte, eine durch dieses Virus verursachte Pandemie könnte schlimmer sein.
„Der Geist ist noch nicht aus der Flasche, und das ist gut so“, sagte Mina, aber angesichts der möglichen Folgen einer unkontrollierten Ausbreitung des Virus „ist es etwas schwierig anzunehmen, dass wir derzeit zu viel tun.“ .“
Wissenschaftler haben das H5N1-Virus etwa zwei Jahrzehnte lang verfolgt, als es Populationen von Wild- und Hausvögeln und in jüngerer Zeit auch Meeressäugetiere wie Seelöwen verwüstete. Die Ausbreitung von Mensch zu Mensch nach Kontakt mit Tieren erfolgte jedoch sporadisch und nicht nachhaltig, was darauf hindeutet Das Virus hat sich nicht vermehrt. genug mutiert, um ein vollständig menschliches Krankheitserreger zu werden. Nach Angaben der US-amerikanischen Zentren für die Kontrolle und Prävention von Krankheiten gab es beim aktuellen Ausbruch in den Vereinigten Staaten keine Hinweise auf eine Übertragung von Mensch zu Mensch.
Menschen wurden jedoch nach Kontakt mit Tieren infiziert – eine erschreckende Erinnerung daran, dass das Virus uns immer noch im Visier hat und einer strengen Überwachung bedarf.
„Es ist so wichtig, dass die US-Regierung jetzt so transparent wie möglich ist, zu transparent, und all dieses Filmmaterial und all diese Daten weitergibt, damit die Welt es sich ansehen, ihre eigene Risikobewertung vornehmen und beginnen kann, ihre eigene zu erstellen.“ „Wenn sie den Impfstoff in ihrem eigenen Land benötigen, müssen sie sich nicht impfen lassen, anstatt darauf zu warten, dass die Vereinigten Staaten sagen, was gut und was schlecht ist“, sagte Bright, CEO von Bright Global Health in Washington, D.C.
„Was würden wir sagen, wenn dieser spezielle Virus außer Kontrolle geraten würde? » sagte Bright. „Könnten wir auf die letzten zwei oder drei Monate zurückblicken und sagen: ‚Ich wünschte, wir würden etwas anderes machen; Ich wünschte, wir wären transparenter; Ich wünschte, wir hätten all dieses Filmmaterial geteilt, damit sich die Welt darauf vorbereiten könnte?‘
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