Des indices sur le point zéro de la grippe aviaire dans les fermes laitières de l’enclave du Texas

Début février, les producteurs laitiers du Texas Panhandle ont commencé à remarquer des bovins malades. Le buzz a rapidement atteint Darren Turley, directeur exécutif de la Texas Association of Dairymen : “Ils ont dit qu’il y avait quelque chose qui bougeait d’un troupeau à l’autre.”

Près de 60 jours se sont écoulés avant que les vétérinaires identifient le coupable : une souche hautement pathogène du virus de la grippe aviaire, H5N1. Si elle avait été détectée plus tôt, l’épidémie aurait pu être rapidement contenue. Aujourd’hui, le virus s’est répandu dans au moins huit autres États et il sera difficile de l’éliminer.

À l’heure actuelle, la grippe aviaire ne s’est pas adaptée pour se propager d’une personne à l’autre par voie aérienne comme la grippe saisonnière. C’est ce qu’il faudrait pour déclencher une autre pandémie. Cette heureuse réalité pourrait toutefois changer à mesure que le virus mute chez chaque vache qu’il infecte. Ces mutations sont aléatoires, mais un plus grand nombre de vaches offre plus de chances de tomber sur celles qui présentent un risque grave pour les humains.

Pourquoi a-t-il fallu si longtemps pour reconnaître le virus dans les fermes de haute technologie du pays le plus riche du monde ? Car même si le H5N1 circule depuis près de trois décennies, son arrivée chez les bovins laitiers était des plus inattendues. “Les gens ont tendance à penser qu’une épidémie commence lundi à 9 heures du matin avec un panneau disant : ‘L’épidémie a commencé'”, a déclaré Jeremy Farrar, scientifique en chef à l’Organisation mondiale de la santé. “C’est rarement comme ça.”

En enquêtant sur les origines des épidémies, les chercheurs recueillent des indices sur la manière dont elles se déclarent et se propagent. Ces informations peuvent réduire le bilan d’une épidémie et, idéalement, arrêter la suivante. Les observations sur le terrain et les analyses génomiques indiquent que le Texas est le point de départ de cette épidémie chez les bovins. Pour revenir sur les événements au Texas, KFF Health News s’est entretenu avec plus d’une douzaine de personnes, dont des vétérinaires, des agriculteurs et des représentants de l’État.

Les premiers signes indiquant que quelque chose avait mal tourné dans les fermes du nord-ouest du Texas provenaient de dispositifs attachés aux colliers des vaches laitières. Turley les décrit comme « un tracker de fitness avancé ». Ils collectent un flux de données, comme la température d’une vache, la qualité de son lait et l’évolution de sa digestion, ou plutôt de sa rumination, au sein de son estomac à quatre chambres.

Ce que les agriculteurs ont vu lorsqu’ils ont téléchargé les données en février les a arrêtés net. Un instant, une vache semblait en parfaite santé, puis quatre heures plus tard, la rumination s’était arrêtée. “Peu de temps après l’arrêt de l’estomac, vous constaterez une énorme baisse du lait”, a déclaré Turley. “Ce n’est pas normal.”

Les tests de dépistage des maladies contagieuses connues pour sévir dans les troupeaux se sont révélés négatifs. Certains agriculteurs se demandaient si la maladie était liée aux cendres provenant des incendies de forêt qui dévastaient les terres à l’est.

Avec le recul, Turley aurait aimé tirer davantage parti des oies migratrices qui se rassemblent dans l’enclave chaque hiver et chaque printemps. Les oies et autres oiseaux aquatiques ont transporté le H5N1 partout dans le monde. Ils supportent d’énormes charges de virus sans tomber malades, le transmettant aux espèces locales, comme les merles, les vachers et les quiscales, qui se mélangent aux troupeaux migrateurs.

Mais avec tant d’autres problèmes auxquels sont confrontés les producteurs laitiers, les oies n’ont pas été enregistrées. “Une chose que l’on apprend en agriculture, c’est que Mère Nature est imprévisible et peut être dévastatrice”, a déclaré Turley. “Juste au moment où vous pensez l’avoir compris, Mère Nature vous dit que non.”

Indices de chat

Une laiterie a tenté de s’isoler, en prenant soin de ne pas partager son équipement ni d’employer les mêmes travailleurs que d’autres fermes, se souvient Turley. Son bétail tombait encore malade. Turley a noté que la ferme se trouvait sous le vent d’une autre ferme touchée par une épidémie, “donc on pense presque qu’il doit y avoir un facteur aéroporté”.

Le 7 mars, Turley a appelé la Commission de la santé animale du Texas. Ils ont convoqué un groupe One Health composé d’experts en santé animale, en santé humaine et en agriculture pour réfléchir à ce qu’ils ont appelé le « syndrome mystérieux ». Les vétérinaires d’État ont sondé les tissus des vaches à la recherche de parasites, examiné le sang des animaux et testé la présence de virus et de bactéries. Mais rien n’expliquait la maladie.

Ils n’ont pas sondé le H5N1. Bien qu’il ait sauté sur des mammifères des dizaines de fois, il s’est rarement propagé entre espèces. La plupart des cas concernaient des carnivores, qui mangeaient probablement des oiseaux infectés. Les vaches sont principalement végétariennes.

“Si quelqu’un me parlait d’une goutte de lait chez les vaches, je ne penserais pas à tester le H5N1 parce que non, les bovins ne l’attrapent pas”, a déclaré Thomas Peacock, virologue à l’Institut Pirbright d’Angleterre qui étudie la grippe aviaire.

Des tests post-mortem sur des quiscales, des merles et d’autres oiseaux trouvés morts dans des fermes laitières ont détecté le H5N1, mais cela n’a pas inversé la tendance. “Nous n’y avons pas vraiment prêté attention puisque nous avons vu des oiseaux positifs au virus H5N1 partout dans le pays”, a déclaré Amy Swinford, directrice du laboratoire de diagnostic médical vétérinaire Texas A&M.

Entre-temps, des rumeurs circulaient au sujet d’une éruption de maladies parmi les travailleurs des fermes laitières de l’enclave. Cependant, c’était la saison de la grippe et les hôpitaux ne signalaient rien d’anormal.

Bethany Boggess Alcauter, directrice de recherche au Centre national pour la santé des ouvriers agricoles, a travaillé dans la mendicité et il était peu probable que les ouvriers agricoles soupçonnés consultent un médecin, même s’ils en avaient besoin. Les cliniques sont loin de chez eux, a-t-elle expliqué, et beaucoup ne parlent ni anglais ni espagnol. Par exemple, ils peuvent parler des langues autochtones telles que le mixtèque, qui est courant dans certaines régions du Mexique.

Le coût des soins médicaux est un autre élément dissuasif, tout comme la perte de salaire en cas d’absence au travail ou la perte de leur emploi s’ils ne se présentent pas. “Même lorsque les soins médicaux sont là”, dit-elle, “c’est un défi”.

Qu’est-ce qui a finalement alerté les vétérinaires ? Quelques chats de ferme sont morts subitement et ont été testés positifs au H5N1. Le groupe de Swinford, en collaboration avec des laboratoires vétérinaires des universités de l’État de l’Iowa et de Cornell, a recherché le virus dans des échantillons prélevés sur des vaches malades.

“Un vendredi soir à 21 heures, le 22 mars, j’ai reçu un appel de l’État de l’Iowa”, a déclaré Swinford. Les chercheurs avaient découvert des anticorps contre le H5N1 dans une tranche de glande mammaire. Lundi, son équipe et les chercheurs de Cornell ont identifié des fragments génétiques du virus. Ils ont alerté les autorités. Le ministère américain de l’Agriculture a alors annoncé que le virus H5N1 avait frappé les bovins laitiers.

Rappelant les rumeurs selon lesquelles des ouvriers agricoles étaient malades, les responsables de la santé du Texas ont demandé aux agriculteurs, aux vétérinaires et aux services de santé locaux d’encourager les tests. Environ 20 personnes souffrant de toux, de courbatures, d’irritation des yeux ou d’autres symptômes pseudo-grippaux se sont présentées pour être prélevées. Ces échantillons ont été expédiés aux Centers for Disease Control and Prevention. Tous sauf un étaient négatifs pour le H5N1. Le 1er avril, le CDC a annoncé le premier cas de cette année : un ouvrier agricole avec un œil enflammé qui a disparu en quelques jours.

Treize fermes laitières de l’enclave ont été touchées, a déclaré Brian Bohl, directeur des opérations sur le terrain à la Texas Animal Health Commission. Les éleveurs rapportent que les épidémies dans les troupeaux durent de 30 à 45 jours et que la plupart des vaches reprennent la traite à leur rythme habituel.

L’observation laisse entendre que les troupeaux acquièrent une immunité, même si c’est temporaire. En effet, les premières preuves montrent que le H5N1 déclenche une réponse protectrice en anticorps chez les bovins, a déclaré Marie Culhane, professeur de médecine vétérinaire des populations à l’Université du Minnesota. Néanmoins, elle et d’autres restent inquiets car personne ne sait comment le virus se propage ni quel risque il représente pour les personnes travaillant avec du bétail.

Bien que la plupart des vaches se rétablissent, les agriculteurs ont déclaré que les épidémies ont perturbé leur timing minutieux entre la traite, la reproduction et la naissance des veaux.

Les agriculteurs veulent des réponses qui résulteraient de recherches plus approfondies, mais l’esprit de collaboration qui existait au cours des premiers mois de l’épidémie au Texas s’est brisé. Les restrictions fédérales ont déclenché une réaction de la part des agriculteurs qui les trouvent indûment punitives, étant donné que le lait pasteurisé et le bœuf cuit provenant de bovins laitiers ne semblent présenter aucun risque pour les consommateurs.

Les règles, telles que l’interdiction pour les bovins infectés de voyager entre États pendant 30 jours, posent un problème aux agriculteurs qui déplacent leurs bovins en gestation vers des fermes spécialisées dans le vêlage, pour les faire paître dans des États aux hivers plus doux et pour rentrer chez eux pour la traite. “Lorsque l’ordonnance fédérale a été rendue, certains producteurs ont dit : ‘Je vais arrêter les tests'”, a déclaré Bohl.

En mai, l’USDA a offert une aide allant jusqu’à 10 000 dollars pour tester et traiter le bétail infecté. “Les incitations financières seront utiles”, a déclaré Turley. Mais combien reste-t-il à voir.

Les autorités fédérales ont pressé les États d’extraire davantage d’informations des exploitations agricoles et des ouvriers agricoles. Plusieurs vétérinaires préviennent qu’une telle pression pourrait briser leurs relations avec les agriculteurs, étouffant les lignes de communication.

Ayant combattu des épidémies dans le monde entier, Farrar a cité des exemples de cas où une surveillance musclée a poussé les épidémies à la clandestinité. Lors d’une épidémie de grippe aviaire au Vietnam au début des années 2000, les agriculteurs ont contourné les réglementations en déplaçant leurs volailles la nuit, en soudoyant les inspecteurs et en vendant leurs marchandises par des voies détournées. “Il est crucial de connaître les motivations et les craintes des gens”, a déclaré Farrar. “Mais nous semblons toujours nous en rendre compte plus tard.”

Un moteur puissant aux États-Unis : le lait est une industrie de 60 milliards de dollars. La santé publique est également vouée à se heurter à la politique au Texas, un État tellement lésé par les restrictions liées à la pandémie que les législateurs ont adopté l’année dernière un projet de loi interdisant aux responsables de la santé de recommander les vaccins contre le COVID-19.

Le commissaire à l’agriculture du Texas, Sid Miller, a déclaré que lorsqu’il a appris que des agents fédéraux du CDC et de l’USDA envisageaient de visiter les fermes, y compris celles où les agriculteurs ont déclaré que le bétail avait récupéré, il avait déconseillé cette opération. “Envoyer des agents fédéraux dans une laiterie qui n’est pas malade ?” il a dit. “Cela ne passe pas le test de l’odorat.”

Du Texas à la nation

Peacock a déclaré que les analyses génomiques des virus H5N1 indiquent que le Texas est le point de départ de l’épidémie bovine, apparue à la fin de l’année dernière.

“Toutes ces petites pièces de puzzle corroborent une circulation non détectée au Texas depuis un certain temps”, a déclaré Peacock, auteur d’un rapport sur l’épidémie.

Les preuves suggèrent qu’une seule vache a été infectée par des virus émis par des oiseaux, peut-être des oies, des quiscales ou des merles, a-t-il déclaré. Ou encore, le virus s’est propagé des oiseaux aux bovins à plusieurs reprises, seule une fraction de ceux-ci se déplaçant de vache en vache.

Au cours du mois de mars, les virus semblent avoir fait du stop vers d’autres États alors que les vaches étaient déplacées entre les fermes. Les données génomiques limitées disponibles relient directement l’épidémie du Texas à d’autres au Nouveau-Mexique, au Kansas, dans l’Ohio, en Caroline du Nord et dans le Dakota du Sud. Cependant, les itinéraires sont imprécis car l’USDA n’a pas attaché de dates et de lieux aux données qu’il publie.

Les chercheurs ne veulent pas être à nouveau pris au dépourvu par le virus H5N1, qui change de forme, et cela nécessitera de garder un œil sur les humains. La plupart, sinon la totalité, des quelque 900 personnes diagnostiquées comme infectées par le virus H5N1 dans le monde depuis 2003 l’ont contracté auprès d’animaux plutôt que d’humains, a déclaré Farrar. Environ la moitié de ces personnes sont mortes.

Des tests occasionnels sur les ouvriers agricoles malades ne suffisent pas, a-t-il déclaré. Idéalement, un système serait mis en place pour encourager les ouvriers agricoles, leurs communautés et les agents de santé à se faire tester chaque fois que le virus frappe les fermes à proximité.

“Les infections chez les travailleurs de la santé sont toujours un signe de transmission interhumaine”, a déclaré Farrar. “C’est l’approche que vous souhaitez adopter. Je ne dis pas que c’est facile.”

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